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Con Holmes enfrentándose a cargos criminales tras su reciente comportamiento violento y recaída, su poderoso padre, Morland Holmes, llega a Nueva York para arreglar los problemas de su distanciado hijo por todos los medios. Además, Holmes y Watson trabajan en el caso de una esposa desaparecida que se cree que ha sido asesinada por su marido para intentar volver a ser del agrado de la policía de Nueva York.
Cuando Morland se ofrece a utilizar su influencia para que Sherlock y Joan vuelvan a ser consultores de la policía de Nueva York, la desconfianza de Sherlock hacia su padre le hace cuestionarse su motivación para ayudar. Además, al no recibir ofertas de trabajo, Watson consigue un puesto en el FBI para investigar un triple homicidio en un laboratorio de investigación de alto secreto.
Cuando Sherlock se encuentra distraído por la continua presencia de su padre en la ciudad de Nueva York, se ofrece a ayudar a Morland a resolver un asunto de trabajo a cambio de su pronta partida a casa. Además, la investigación de Holmes y Watson sobre el doble asesinato de dos hombres que se parecían les lleva al mundo de la tecnología de reconocimiento facial.
Cuando Holmes y Watson investigan el asesinato de una técnica de un laboratorio de fertilidad, descubren que la mujer tenía una vida personal secreta que les lleva a múltiples sospechosos. Además, las tornas cambian para Watson cuando es investigada por un detective de la policía de Nueva York.
Cuando un arqueólogo es asesinado, Holmes y Watson creen que el hombre puede haber sido asesinado por lo que descubrió durante su última excavación en un vertedero local. Además, la relación de Sherlock con Alfredo, su amigo y antiguo padrino de sobriedad, atraviesa una mala racha.
Morland se ofrece como uno de los asesores «irregulares» de su hijo para poder prestar a Sherlock y Joan sus considerables recursos y ayudarles a resolver un caso.
Cuando el padrastro de Watson escribe una novela policíaca basada en su trabajo con Holmes sin que ella lo sepa, se revela un problema subyacente en su relación. Además, mientras Holmes y Watson investigan el asesinato de un agente retirado del FBI, descubren que la muerte del hombre está relacionada con un caso sin resolver de la carrera de la víctima...
Holmes y Watson investigan un homicidio en el que la víctima fue asesinada de una forma que recuerda a los crímenes de un infame asesino en serie ya encarcelado. Además, Sherlock y Joan tutelan al detective Bell para un examen de sargento de policía que le llevaría a un ascenso y a un puesto en otra comisaría.
Holmes y Watson buscan a un pirata informático responsable de tres asesinatos, entre ellos la muerte de un multimillonario ruso que estaba de visita en Nueva York. Además, Joan se sorprende al recibir una invitación a cenar en solitario del padre de Sherlock.
La tímida reconciliación de Holmes con su padre sufre un revés cuando Holmes y Watson descubren que Morland ha estado guardando un secreto que amenaza la seguridad de todos ellos. Además, Holmes y Watson investigan dos asesinatos relacionados con una universidad con ánimo de lucro y sus prácticas ilegales de contratación.
Holmes y Watson deben buscar a un asesino sin ninguna prueba física que les ayude después de que estalle una bomba en la morgue de Nueva York. Además, Watson sospecha cuando un detective de la policía de Nueva York con el que mantiene una rencilla le pide que le asesore en un caso.
El colega del capitán Gregson de Narcóticos pide a Holmes que orqueste el atraco perfecto dentro del recinto fuertemente armado y prácticamente impenetrable de una banda de moteros traficantes de drogas. Además, cuando Watson asiste a Fiona Helbron, que le ayudó en un caso reciente, hace un sorprendente descubrimiento sobre Holmes.
Sherlock y Joan buscan a un asesino que utilizó setas venenosas para matar a un profesor de botánica y a un grupo de alumnos del instructor. Además, cuando Joan es molestada por un fuerte ruido en la puerta de al lado, descubre que su vecino, Trent, está alquilando su casa a través de una web para gente que ama la fiesta.
Cuando la investigación de Holmes sobre el atentado contra la vida de Morland lleva su tensa relación al punto de ruptura, se revela la identidad de la madre de Sherlock. Además, cuando tres miembros de una banda son asesinados, Holmes y Watson se sorprenden cuando una anciana aparece como principal sospechosa.
Cuando Watson se cruza con el capitán Gregson y su novia secreta, una ex agente de la policía de Nueva York, sin querer pone en marcha la ruptura de la pareja. Además, Holmes y Watson investigan el asesinato de una mujer adinerada que dejó su considerable patrimonio únicamente a un querido perro.
A instancias del adinerado socio de Morland, Henry Baskerville, Holmes y Watson investigan la muerte de su hermano y descubren que un testigo vio al hombre perseguido hasta la muerte por un animal grande y brillante demasiado fantástico para ser real. Sherlock se plantea intervenir cuando el trauma del atentado en la morgue repercute negativamente en el trabajo de ME Hawes.
Cuando un hombre que luchaba en secreto contra el crimen vestido como un popular superhéroe de cómic es asesinado, Holmes y Watson deben descubrir su verdadera identidad antes de poder encontrar a su asesino. Además, Morland hace una donación sorpresa a la organización benéfica favorita de Watson, con el fin de obligarla a hacerle un favor relacionado con los negocios.
Cuando un médico survivalista desaparece, Holmes y Watson deben determinar si ha desaparecido a propósito o si ha sido víctima de un crimen. Además, Holmes muestra un comportamiento extraño cuando su relación romántica con Fiona llega a un punto crítico.
Una misteriosa mujer que organiza partidas ilegales de póquer con grandes apuestas llega a la puerta de Holmes y Watson y les dice que su vida corre peligro afirmando ser una antigua socia de Mycroft, el hermano de Sherlock. Sin embargo, a medida que la pareja investiga, Joan empieza a sospechar que su nueva cliente no está siendo sincera.
Mientras Holmes y Watson investigan el asesinato de una mujer, descubren que su muerte está relacionada con una obra de arte que tiene vínculos con un crimen que se cometió cuando ella estaba en la universidad. Además, a raíz de una impactante revelación personal, Watson intenta forjar una conexión con un cliente reciente.
Cuando Holmes y Watson se ven arrastrados a la investigación de un doble homicidio, descubren que las víctimas estaban escenificando un falso asesinato justo en el momento en que fueron asesinadas. Además, la infiltrada de Watson en la oficina de Morland se encuentra con un problema que amenaza con exponer su espionaje a Holmes y a su padre.
El padre de Sherlock, Morland, se convierte en el principal sospechoso de Sherlock y Joan en una investigación de asesinato después de que uno de sus empleados es asesinado bajo la excusa de un robo.
Cuando Holmes y Watson descubren al autor del atentado contra la vida de Morland, descubren una sorprendente conexión con ellos mismos.
Holmes y Watson se enfrentan a las represalias del autor que quiere a Morland muerto, y se dan cuenta de que subestimaron peligrosamente el alcance de la influencia de su nuevo enemigo.
