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La temporada final de Bones recoge el cliffhanger con el que terminó la temporada pasada: Brennan secuestrada por su ex ayudante, Zack Addy, mientras que Booth y el resto del equipo del laboratorio la buscan desesperadamente. Sin embargo, el rescate de Brennan es sólo el principio de sus problemas.
Después de descubrir el cuerpo de un hombre involucrado en la creación de bots de inteligencia artificial, el equipo debe averiguar si el propio bot de la víctima estaba programado para matarlo. Mientras tanto, Bones planea una sorpresa especial para todos por su 40 cumpleaños.
Cuando el cuerpo de un anciano es encontrado en una zona de vertidos de ácido, el equipo se sumerge en un drama de un hogar del jubilado. Mientras exploran el caso, el matrimonio y los niños empieza a dominar como tema de conversación en el laboratorio.
El equipo investiga el asesinato de alguien perteneciente al pasado de Booth y Brennan. Mientras tanto, Aubrey se enfrenta a un dilema moral cuando descubre que su padre está de vuelta.
Cuando un tutor de estudiantes privilegiados muere, el equipo visibiliza a todos los posibles culpables, desde padres descontentos hasta el compañero de cuarto del tutor con antecedentes penales. Mientras tanto, Bones se siente frustrada con la voz de su audiolibro e intenta probar que puede grabarla ella misma.
El cuerpo desmembrado del exitoso golfista convertido en leñador, Phyllis Paul, lleva el rumbo de la investigación al Campeonato Regional de Deportes de Madera. En esta competición, Booth y Brennan descubren numerosos secretos que podrían ser el móvil del asesinato de Phyllis, incluyendo un romance con un rival casado. Mientras tanto, Hodgins secretamente analiza la bacteria en el hueso de una víctima anterior que cree que absolverá al asesino, Zack Addy.
Booth revisa su pasado cuando empiezan a aparecer cadáveres cerca de Washington DC conectados con su antigua unidad militar. Brennan sufre una crisis con su padre, no sabe si puede confiar en él o no en cuanto a un procedimiento médico.
Una pérdida reciente crea una brecha entre Booth y Brennan, ya que ambos hacen frente a su tristeza de forma diferente. Mientras tanto, resurge una vieja llama del pasado de Brennan.
Cuando un joven muere en un horrible accidente en una embaladora de heno, Booth, Brennan y Aubrey se enfundan unos disfraces peculiares y van encubiertos a una competición de camiones de demolición para investigar el caso. Mientras tanto, el Dr. Gordon Wyatt regresa y ayuda a Hodgins y Cam cuando el caso abierto "Gormogon" llega a un callejón sin salida.
Cuando el cuerpo quemado y magullado de un aspirante a escritor/director cae sobre un automóvil en marcha, el equipo investiga una serie de lugares extraños y personajes que están conectados a su película. Mientras tanto, Bones pide consejo al Dr. Mayer sobre el significado de la pasión en el trabajo y Booth le permite a Aubrey tomar las riendas en el caso.
En el penúltimo episodio de la serie, la historia final de cada personaje principal comienza a desarrollarse. Brennan testifica por Zach en el juicio y Angela tiene grandes noticias, mientras que Aubrey y Jessica llegan a un acuerdo sobre su futuro juntas. Durante este tiempo, el equipo descubre que Kovac ha escapado, dejando a Booth en una carrera contrar reloj para protegerse a sí mismo y a los suyos de lo que puede ser el plan más peligroso de Kovac hasta la fecha.
Con Kovac todavía en libertad, el equipo busca pruebas para localizarlo. Pero cuando Brennan es víctima de una ataque, el resto del equipo debe averiguar cómo encontrar a Kovac sin ella, poniendo a prueba todo lo que han aprendido de ella. Finalmente, cuando todas las señales apuntan a que que Kovac tiene ayuda externa, así como un escondite, Booth y Brennan van a por él.
Viviendo 6 meses después del final de la temporada 10, Brennan y Booth se han transladado a una nueva ciudad y a unos nuevos puestos de trabajo, después de haber renunciado a su antigua vida, alejándose de las dichosas muertes a su alrededor. Pero un asesinato como cualquier otro los atrae de nuevo a investigar junto a sus antiguos colegas del Jeffesoninan y del FBI
Mientras Aubrey y Miller investigan más a fondo el paradero de Booth y sus intenciones, nueva evidencia sale a la luz que sugiere un trabajo desde dentro.
Booth y Brennan regresan a sus vidas antiguas mientras que Cam se hace al hecho de que Vaziri se ha ido.
Brennan pide ayuda para investigar la muerte de un agente financiero.
Un macabro descubrimiento de restos humanos conduce a Brennan y a Booth a una cacería en busca de pistas, durante los cuales se cruzan con Ichabod Crane y Abbie Mills, que están buscando respuestas propias.
El equipo corre a contrarreloj para descubrir quien mató al senador de Virginia antes de una importante rueda de prensa.
El cadáver de un escapista es encontrado en el bosque; Booth y Brennan intentan decidir si el ratoncito perez debiera visitar a christine; Ángela trabaja con Sebastian Kohl en su fotografía.
Un periodista político es encontrado muerto después de escribir un artículo exponiendo corrupción en la NSA, y Hodgins se vuelve paranoico cuando se convence a sí mismo de que su investigación está siendo monitoreada de cerca. Mientras tanto, el equipo se reúne para Acción de Gracias.
Para resolver un asesinato, Brennan y Booth se infiltran en una competición de tiro al estilo viejo oeste, mientras que Angela y Hodgins discuten el futuro de su familia y Cam se acerca al fotógrafo Sebastián Kohl.
Aubrey y Hodgins son heridos en una explosión. El equipo hace todo lo posible para encontrar un asesino de policías. Aristoo pide a Cam que lo lleve de vuelta. Hodgins tiene complicaciones en su lesión.
Han pasado ocho semanas desde la explosión que dejó paralizado a Hodgins. Él está haciendo sus ejercicios, pero no está seguro de estar bien con el hecho de pasar el resto de su vida en una silla de ruedas.
El equipo investiga la muerte del miembro de un grupo masculinista. Hodgins está sobrellevando mal su situación, y los demás tratan de ayudar.
Christine está teniendo pesadillas sobre un monstruo en el armario. Mientras tanto, el equipo está investigando la muerte de una mujer. El asesinato parece estar conectado a una víctima anterior que aún no ha sido identificada.
Un sospechoso del asesinato de un delincuente condenado tiene vínculos con Booth; Brennan atestigua ante el FBI sobre un sospechoso no identificado de su asalto en un caso anterior.
El equipo investiga el asesinato de un 'fijador' de alto rango. Hodgins está tratando de arreglar las cosas con Angela mientras Aubrey ha encontrado una verdad impactante sobre el paradero de su padre.
Cuando el cantante de un grupo a capella de la universidad muere, el equipo debe interrogar a los miembros del grupo y a algunos competidores femeninos; La experiencia en la universidad de Aubrey se revela mientras que Booth trata de planificar un viaje con Parker; un nuevo interno es llevado al laboratorio.
Un estudiante universitario borracho descubre el cadáver de un agente del servicio secreto justo antes de una visita presidencial a la zona. Booth está listo para comenzar a investigar y se dirige al Agente del servicio secreto y ex colega Brandt Walker para obtener información, pero se sorprende al saber que el Servicio Secreto tiene reservas en cuanto a la participación de Booth en el caso.
Un equipo de televisión sigue al equipo del laboratorio médico legal durante varios días para documentar la relación entre el Instituto Jeffersonian y el FBI. El equipo forense sigue el caso de un niño de diez años asesinado y enterrado en un vertedero.
Bones y Booth investigan la muerte de un jugador de hockey profesional cuyo cadáver decapitado fue arrojado a un río. Booth se reencuentra con un rival de hockey de su pasado, llevándolo de vuelta al hielo. Mientras tanto, Hodgins y Oliver tienen su propia competición cuando Hodgins construye dos drones y compiten para recuperar la cabeza de la víctima.
Los restos de un explorador multimillonario son encontrados diez años después de su desaparición y el Dr. Clark Edison se convierte en un sospechoso ya que formaba parte de la expedición. Mientras tanto, Cam discute con su hermana cuando ella trata de ayudar con sus planes de boda.
El equipo investiga sobre un cuerpo encontrado en una planta de reciclaje de vidrio con un diamante encajado en la mandíbula. El Inspector francés Rousseau se presenta ante el equipo con una acusación contra el Marqués de Chaussin, quie resulta ser el marido de la víctima y vive en Virginia. Mientras tanto, Booth descubre que sufre una enfermedad temporal en los ojos, y Hodgins cree que le está persiguiendo un fantasma.
El equipo intenta encontrar a un asesino en serie del pasado, que vive con los cuerpos de sus víctimas antes de deshacerse de ellos; Brennan lucha con la culpa de no detener al asesino antes
Booth sigue en la carcel injustamente y ahora es el turno de Brennan , Sweets y el resto del equipo del Jeffersonian de averiguar quien en el FBI está detrás de la conspiración.
El equipo debe encontrar el asesino de uno de los miembros del equipo para que averiguen quien está detrás de la conspiración.
Con la ayuda de Rodolfo Fuentes, el equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un controvertido conservador conductor de radio cuyos restos fueron encontrados en un colector de aguas pluviales. Cuando el equipo descubre algunas de sus actividades extracurriculares, se reducen los sospechosos. Mientras tanto, el agente especial James Aubrey está desesperado por ganar la confianza de Booth y Brennan se preocupa por el bienestar psicológico de Booth después de los recientes acontecimientos.
El equipo investiga después encontrar un cuerpo en un río. Mientras que Brennan y Bopth planenan el futuro de Christine.
Brennan da un discurso en una convención para científicos forenses, quienes quieren ayudar cuando los restos de un cuerpo se descubren en un hueco de la escalera, pero el equipo del Jeffersonian se sorprendió cuando Hodgins se convierte en un sospechoso del asesinato.
El equipo investiga el asesinato de una inmigrante cuyos restos se encontraron al lado de la carretera. La rica jefa, sandra Zins, es la sospechosa principal pero cuando el equipo se entera que la víctima entró al país ilegalmente el caso crece. Mientras tanto se crean tensiones entre Cam y Breenan.
El equipo investiga una empresa cuando restos humanos son encontrados debajo de un tio vivo.
El equipo investiga la muerte de un genio de los cucigramas encontrados en un pozo. Daisy toma consejo de su "doula".
El equipo investiga la muerte de un profesor de psicología cuyas partes de cuerpo fueron encontradas en contenedores por toda la ciudad.
En el Hollywood de 1950, Brennan es un detective que tiene que luchar con el sexismo de la época y Booth es un ladrón conocido que ha sido incriminado por homicidio.
Avalon Harmonia presta su experiencia cuando encuentran los restos de un psíquico dentro de un árbol. Pero otra de sus visiones no le sientan demasiado bien a partes del equipo. Christine tiene un amigo invisible que preocupa a sus padres.
Cuando una profesora importante es hallada muerta en una librería abandonada; los profesores y estudiantes de us colegio se convierten en sospechosos en el caso. Mientras tanto, el editor de Brennan la aconseja unirse a Twitter; así, su interna, Jessica Warren, ayuda a una Huesos muy entusiasmada a comprender el universo twitter.
Brennan y Booth investigan tras encontrar el cuerpo de un ex convicto en pedazos. A medida que se centran en recuperar su historia, se dan cuenta de que su pasado puede llevarles al asesino.
La muerte de un golfista demuestra la verdadera naturaleza competitiva del deporte. Mientras tanto, Brennan teme que su padre esté comitiendo actos ilegales de nuevo y Wendell pide ayuda a Hodgins.
Los restos de un jugador de altas apuestas son decubiertos en una trituradora industrial y el pasado de adicción de Booth entra en juego cuando él y Brennan investigan el mundillo del poker. Hodgins inventa un producto de laboratorio.
El equipo investiga cuando los restos de un chef famoso son descubiertos en un parque local.
Los restos de una estudiante de secundaria son encontrados y se cree que su muerte haya sido a causa del bullying; pero Brennan no está tan segura de que sea asesinato cuando encuentra similitudes entre su propia adolescencia y la de la víctima.
Con tan solo 48 horas antes de la ejecucción del asesino en serie Alex Rockwell (quien se encuentra en la cárcel en parte gracias a Brennan y a Booth), el equipo del Jeffersonian debe correr a contrarreloj para confirmar la nueva sospecha de Brennan de que Rockwell puede no ser el autor de los crímenes.
Arastoo es secuestrado por un miembro del Parlamento iraní para ayudarle con un caso de asesinato, por lo que Booth y Cam viajan a Oriente Medio para exponer al asesino antes de que sea demasiado tarde. Mientras tanto, Brennan está preocupada por la posible ludopatía de Booth, y le pide a Aubrey que la proteja a ella y a Christine del corredor de apuestas de su marido.
El cuerpo de un coleccionista de tarros de galletas de se encuentra cerca de un río. Mientras tanto, Booth se esfuerza por aceptar la decisión de Brennan deirse de casa por culpa de su adicción al juego.
Los restos de un ex-convicto y motero que se convirtió en instructor de Yoga son encontrados en las ruinas después de un incendio forestal. La investigación deberá cubrir ambos mundos del muerto. Mientras tanto, Booth lucha por controlar su adicción.
Mientras el equipo investiga un asesinato; pruebas encontradas en la escena del delito les recuerda un viejo enemigo. Angela se preocupa de Hodgins y su decisión mientras que Booth y Brennan consideran una vida son el Jeffesonian.
El equipo investiga el asesinato de Jason Siedel, un contable del departamento de estado, cuyos restos fueron encontrados en una unidad de aire acondicionado de un hotel.
El equipo investiga la muerte de Adam Pak, un consultor de gestión cuyos restos fueron encontrados devorados por gatos monteses.
El equipo investiga la muerte de Jamie Delcampo, un miembro de la banda Estrellas Locas, cuyos restos fueron encontrados en un coche calcinado.
Pelant ha vuelto, y los miembros del Jeffersonian quieren poner fin al dominio que ha tenido sobre ellos, de una vez por todas.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Charlie McCord, un director de escuela que, al enterarse de que tenía cáncer terminal, ha creado un sitio web donde la gente puede ir y pagar por sus videos de inspiración.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Nancy Handelman, cuyo cuerpo fue descubierto en el momento del ensayo de boda de Brennan y Booth.
De luna de miel en Buenos Aires, Brennan y Booth no se pueden sólo relajar. Así que deciden ayudar a Raphael Valenza, un detective local y gran fan de los libros de Brennan, a resolver el asesinato de un criminal de guerra Nazi.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Sean Nolan, un modelo fallecido cuyo cuerpo es encontrado en un dique de castores.
Brennan es jurado en el caso de un jugador de fútbol profesional, Peter Kidman, a quién se le acusa de asesinar a su mujer.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un científico alimentario cuyos restos fueron arrojados a una picadora de carne y mezclados en latas de guiso servidas en la cafeteria de un colegio.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un gimnasta nacionalmente reconocido, cuyos restos fueron alcanzados por un rayo y esparcidos por todo el parque.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Lana Brewster, una chica cuyos restos son entregados en la casa de Brennan y Booth por alguien que cree que su muerte hace 18 años no fue un accidente.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Colin Haynes, un cantante de música country cuyos restos fueron encontrados en una tumba poco profunda. Mientras, Wendall Bray se rompe un brazo durante un partido de hockey y Brennan descubre algo impactante al echar un vistazo más de cerca a sus lesiones.
El equipo descubre el cuerpo de un conocido, pero impopular, maestro del ajedréz entre porquerías de cerdo y cuando Sweets los sorprende a todos con sus habilidades ocultas como jugador de ajedréz, decide informar desde dentro del mundillo del ajedréz profesional para encontrar al asesino. Cam recibe un honor muy grande de una publicación de ciencia muy famosa pero no quiere ofender a Brennan.
El Jeffersonian investiga el asesinato de Lauren Frank, una víctima de secuestro cuyos restos fueron encontrados enterrados en un parque.
Cuando un informante de la CIA es encontrado asesinado, Booth y el agente de la CIA Danny Beck deben trabajar juntos para localizar un terrorista afgano.
Los restos de un cobrador son encontrados en una fosa séptica, y el equipo del Jeffersonian debe trabajar unido para averiguar quién es el asesino.
Cuando el actor de un programa infantil de TV es encontrado muerto, el equipo del Jeffersonian intenta descubrir quién asesinó al personaje favorito de todos: "Zanahoria Bill".
Cuando Todd, un coleccionista de arte adinerado, se encuentra en su propio funeral, el equipo del Jeffersonian debe descubrir a quién pertenecen los restos cremados del funeral.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un expulsado de una escuelta de arte y que lucha contra el Lupus, cuyos restos fueron encontrados en un tronco en el bosque.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de una mujer cuyos restos fueron encontrados en un pantano.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Stephanie McNamara, la hija de una familia adinerada cuyos restos fueron encontrados en un parque nacional.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Brian Thomas, el entrenador de natación de cabeza en un colegio comunitario, cuyos restos fueron encontrados tirados en el fondo de un pozo.
El equipo investiga la muerte de un hombre que había ofrecido a Booth información de un posible encubrimiento del gobierno en un caso anterior, pero fue asesinado antes de que la reunión se llevara a cabo.
Al ser acusada de asesinato, la agente Breenan huye del FBI mientras que Booth y todo el equipo del Jeffersonian creen firmemente en su inocencia.
El equipo del Jeffersonian investiga sobre el asesinato de un abogado especializado en divorcios con una gran cantidad de enemigos.
Tras una explosión en el garaje de un hotel, el equipo del Jeffersonian ha de recomponer los restos encontrados en el lugar para conocer así la identidad de la víctima.
El equipo del Jeffersonian investiga acerca de la muerte de Jared Drew. El caso les hará adentrarse sin darse cuenta en el tráfico ilegal de animales.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de una mujer cuyo cuerpo aparece mutilado en un basurero de la ciudad.
Tras quedar fascinada con el baloncesto y el concepto de trabajo en equipo, Breenan recluta a cinco de los mejores para reconocer unos restos sin identificar.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un hombre cuyos restos quedan sellados en una cápsula que aparecer varada en la playa.
Un artista callejero cae en sobre un compuesto que hace dificil recuperar su cuerpo. Por ello, el equipo deberá averiguar como hacerlo.
El equipo encuentra el cuerpo de un joven, en el que su alma rebosa mucha vida. Tras tratar con una espiritista, se preguntaran sobre la vida después de la muerte.
La muerte de un bailarin hace que Breenan y Both deban infiltrarse en una competición de baile para encontrar a los posibles sospechosos.
El equipo investiga el asesinato de una arqueóloga muy conocida con una reputación cuestionable, que dió con un gran descubrimiento antes de su muerte.
Angela y Hodgins despiertan encontrando un cadáver colgando de su cama y pronto descubren que fue planeado por Pelant, que ha vuelto para vengarse.
El equipo del Jeffersonian investiga los restos de dos personas que padecían cáncer y que fueron encontrados en un cementerio.
Brennan y Booth investigan la muerte de una patinadora cuyo cuerpo fue desmembrado. Para obtener respuestas, Angie irá de incógnito como patinadora en un derby.
Cuando Brennan es disparada mientras trabajaba por la noche en el Jeffersonian, es trasladada al hospital en estado crítico.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un chico de 15 años de carácter inocente y afable, pero involucrado en el trafico ilegal de drogas.
La entrada de un nuevo interno en el Jeffersonian hace que Breenan abra su mente hacia nuevas cuestiones científicas.
El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un joven cuyos restos fueron encontrados en un barril en una instalación de eliminación de residuos peligrosos.
Cuando el equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un ex sargento de la Marina en la que el principal sospechoso es un compañero del ejército.
Un policía encubierto, que estaba investigando una serie de robos de cajeros automáticos, aparece muerto en una camioneta con una bolsa de diamantes.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un productor de televisión. Mientras, Brennan se preocupa por el desarrollo y la educación de su hija.
El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Jack Spindler, un empleado con éxito durante el día, pero con una vida agitada por la noche.
El equipo del Jeffersonian debe prevenir un brote viral, mientras que deben proseguir con la investigación del asesinato de la periodista Mia Garret.
Cuando el criminal Christopher Pelant vuelve a escena, el equipo descubre que los asesinatos que han estado ocurriendo están vinculados a agentes del FBI cercanos a Booth.
El equipo encuentra los restos de una mujer en un campo de paintball y su marido les confiesa que sufría amnesia.
El equipo del Jeffersonian identifica los restos de un campeón de competiciones de comida pocos días antes de un torneo.
Un ejecutivo de una compañía de juguetes aparece muerto y Booth y Sweets tendrán que entrar en la oficina de la empresa.
Unos restos aparecen repartidos en cajas postales y el equipo lo identifica como un trabajador de una reprografía.
El equipo descubre los restos de un cazador de tormentas que parece haber muerto mientras perseguía un tornado.
Un monumento nacional aparece decorado con un mensaje críptico, escrito con sangre humana.
Los restos de un fugitivo aparecen en unas alcantarillas, pero un examen de indica que la muerte ocurrió en prisión.
Con la ayuda de un agente especial, el Jeffersonian identifica los restos de un comprador arrastrado por un camión.
Un cuerpo es hallado en un vertedero teñido de azul y Vaziri descubre un método para eliminar daños postmortem.
El cuerpo de un empleado de una compañía de camiones aparece en medio del bosque.
El equipo conecta a una víctima con dos familias enfrentadas desde hace casi un siglo.
Brennan y Booth van a Los Ángeles para revisar la producción de la película basada en el último libro de Brennan.
Un malvado genio de la tecnología, antiguo sospechoso en un caso de Brennan y Booth, reaparece en la apelación.
Con la reputación y la carrera de Cam en la cuerda floja, el equipo viaja desde el extranjero para ayudarla a resolver el caso de un niño no identificado.
Cuando los restos de una pareja se descubren en una cueva en el Parque Nacional, el equipo debe encajar la identidad del hombre y la mujer, así como resolver el crimen.
Booth y Brennan están llamados a investigar unos restos descompuestos encontrados en la costa de Jersey. El equipo se encariña con la novia de Booth, Hannah, y Angela trata de mantener su embarazo en secreto.
Un cráneo y unas manos en descomposición se encuentran en un contenedor de basura, y la víctima resulta ser un cazarrecompensas en busca de Charles Braverman, un hombre acusado por el asesinato de un compañero de trabajo.
El cráneo de un prometedor joven bailarín se encuentra alojado en hormigón en un lugar en obras; Después de descubrir que la víctima dejó el ballet para perseguir el hip hop, las pruebas apuntan a un sospechoso que tenía una relación secreta con la víctima.
El pasado y el presente chocan cuando los restos humanos de una nave de esclavos de hace 150 años, Amelia Rose, emergen. El equipo tiene la tarea de dar al difunto un entierro adecuado, pero hacen un descubrimiento imprevisto vinculado a un asesinato reciente.
Cuando unos restos humanos se descubren en la barra de chocolate más grande del mundo, un evento "dulce" para un fabricante de chocolates rápidamente se convierte en amargo.
Un cadáver humano con una herida de bala se ha fundido literalmente en el salpicadero de un camión carbonizado, pero el equipo descubre que ni el fuego ni la bala lo mataron.
Brennan vislumbra su propia vida cuando el cuerpo de un brillante y profesional cirujano se encuentra en un barrio convulso con múltiples fracturas en el cráneo y no hay indicaciónes de cómo o por qué estaba allí.
Un cuerpo no identificable es descubierto en la ducha de una casa de lujo perteneciente a una mujer joven de la alta sociedad.
La ciudad espera ansiosamente la llegada de Heather Taffet, conocida como "La sepulturera", para su apelación final después de haber sido sentenciada a muerte por un secuestro-asesinato y una serie de crímenes similares. Cuando le dispara un francotirador, el equipo del Jeffersonian investiga.
Un cuerpo disfrazado de espantapájaros se encuentra con una herida de bala en un remoto campo de maíz, y el equipo se ve obligado a trabajar contrarreloj para evitar una tormenta y posibles complicaciones que afectarían a la escena del crimen y a las pruebas.
Los restos de un ciclista de BMX se descubren en el tejado de un almacén tras realizar un truco de bicicleta fallido. Sweets se dirige a Booth para obtener consejos sobre su relación con Daisy y Booth toma una decisión sobre su relación con Hannah.
Los restos licuados de un planificador de bodas se encuentran en la cama de bronceado de su casa en el Día de San Valentín, y Cam presiona a su equipo para resolver el caso a tiempo para que pueda celebrar este día especial con su novio.
Después del notorio asesinato de 'La sepulturera', el francotirador Jacob Broadsky golpea de nuevo. Esta vez, su víctima es un sospechoso del pasado que escapó del sistema de justicia.
Una fuerte tormenta de nieve provoca un apagón en toda la ciudad, lo que se suma a los obstáculos que el equipo debe superar para resolver un caso de asesinato que podría estar relacionado con un posible brote viral.
El equipo de Brennan colabora con un podólogo forense para identificar siete pares de pies.
El presentador de un programa de sucesos sobrenaturales aparece asesinado aparentemente por el mítico Chupacabra.
Bones regresa con reencuentros en su sexta temporada después de que Booth se tomara un año sabático para entrenar a francotiradores y Brennan partiera hacia Indonesia.
Aparece asesinado un miembro de "Apoyo a la Honestidad". Mientras, Hodgins insta a Ángela a hacer frente a su embarazo.
Un sordomudo de identidad desconocida, ensangrentado y armado con un cuchillo es el sospechoso del reciente asesinato.
El francotirador Broadsky se cobra otra víctima , esta vez la bala iba dirigida a Booth pero mató a otra persona.
El equipo investiga los restos no identificables de un jugador que son encontrados entre la maquinaria de la bolera.
Un psíquico conocido de Angela revela que hay cuerpos enterrados bajo una fuente en DC, pero tanto Booth como Brennan son escépticos cuando Angela les cuenta como trabaja su amigo.
Brennan y Booth investigan la muerte de un hombre que ha sido asesinado por el contenido de su maletín. Las pruebas llevan a sospechar que un grupo de agentes secretos está detrás del asesinato, y sus sospechas se confirman cuando los restos de un agente de la CIA se encuentran en el maletero de un automóvil.
Cuando unos restos humanos son encontrados en las vías del ferrocarril, Brennan y Booth son convocados para su investigación. Después, descubren que los restos pertenecen a Levi Yoder, un miembro de la comunidad Amish que desapareció dos meses antes de su Rumspringa.
El tumor cerebral de Booth ha desaparecido así como la amnesia temporal que sufrió en el postoperatorio. Todo parece haber vuelto a la normalidad pero no es así: Booth sufre un caso agudo de enamoramiento por su compañera, la doctora Brennan.
Unos restos humanos carbonizados son encontrados y parecen pertenecer a un rey egipcio momificado que fue prestado al Jeffersonian; Cuando el conservador del Jeffersonian que prepara la momia para su exhibición es asesinado, el equipo sospecha de un juego sucio.
Los restos mutilados de un granjero de pollos local son encontrados. Tras investigar el caso, se descubre que estaba dispuesto a heredar una granja de pollos conocida y denunciada por su crueldad animal.
Booth tiene que obtener una nueva certificación de puntería para el FBI, pero no es el mismo tirador que era antes de su cirugía cerebral. Por otro lado, el equipo investiga el asesinato de una persona pequeña que luchó bajo el nombre de "El leprechaun de hierro".
Cuando un agente inmobiliario descubre restos humanos durante una visita a uno de los bienes inmuebles, Booth y Brennan son requeridos para investigar. Mientras tanto, el abuelo de Booth se traslada con él e insiste en seguir con él la investigación.
Los restos de un gamer se encuentran en un camión de grasa y Booth y Brennan pronto descubren que la víctima, Steve Rifton, es el único jugador que tiene una puntuación perfecta en un videojuego en particular.
Cuando Max, el padre de Brennan, entra en contacto con Margaret Whitesell, le pide que pase la Navidad con él y Brennan. Mientras tanto, Booth y Brennan investigan un robo en un banco que salió mal y en el que un hombre vestido de Santa Claus acabó explotando.
Brennan y Booth se dirigen a Nuevo México para examinar un caso en el que se encontraron restos humanos con atributos extraterrestres. Allí encuentran que su víctima era un fanático de los OVNI conocido por su extensa búsqueda de vida extraterrestre.
El señor White y los agentes del gobierno exigen que Brennan y su equipo examinen la causa de la muerte de un conjunto de restos y cierra el Laboratorio Jeffersonian para hacerlo. Sin embargo, el equipo descubre rápidamente que están investigando un infame asesinato presidencial.
Un esqueleto es descubierto en un campo de batalla de la Guerra Civil y Brennan y Booth son llamados a investigar el caso. A pesar de la ubicación, Brennan encuentra que los restos pertenecen a Dan Pinard, un dentista local.
Brennan y Booth están llamados a investigar cuándo un conjunto de restos encontrados en una iglesia parecen ser demoníacos. A medida que recaban información sobre la víctima, que es un ex paciente del Dr. Adam Copeland en Havenhurst Sanitarium, se encuentran con sospechosos poco usuales.
Cuando un tren subterráneo es lanzado fuera de pista por una inundación de 60.000 litros de agua, un cuerpo parcialmente esqueletizado emerge junto al desbordamiento.
Brennan y Booth recuerdan su primer caso juntos hace seis años, cuando el agente del FBI reclutó al equipo de científicos de Brennan, cuyos instintos misteriosos y trabajo de investigación apoyaron sus sospechas sobre un juez influyente.
El último caso del equipo lleva a Brennan a su alma mater, Burtonsville High School, donde ella y Booth investigan el descubrimiento de un cráneo no identificado y el torso superior.
Cuando se descubren restos humanos en el vientre de un tiburón, Brennan y Booth son requeridos para identificar a la persona.
Cuando el cuerpo de un rico buscador de aventuras se encuentra en una máquina de lavandería de un hotel, la investigación lleva a Booth y Brennan hasta un campamento de Rock 'n Roll.
Una cabaña se quema en el bosque dejando al descubierto dos cuerpos, uno de una bruja de hoy en día y uno perteneciente a los días de los juicios de las brujas de Salem, llevando a Booth y Brennan al mundo de la Wicca para encontrar un asesino.
Heather Taffet, alias La Sepulturera, va a juicio, pero lo que debería ser un caso abierto y cerrado lleva al equipo del Jeffersonian a apurar hasta el último segundo para encontrar suficientes pruebas para un veredicto de culpabilidad.
Para resolver el misterio de su muerte, el equipo trabaja para descubrir pistas enterradas bajo un conjunto de posesiones acumuladas por un acaparador; El padre de Angela tiene un propósito específico en su última visita. Y Brennan y Booth se enfrentan a oportunidades únicas.
Durante la estancia de Bones en Inglaterra, la hija de un empresario estadounidense es asesinada. El empresario insiste en que el FBI ayude con el caso, por lo que Booth y Bones investigan. Mientras tanto, el marido de Angela aparece en el Jeffersonian.
Pritchard le pide a Booth y a Brennan que ayuden a investigar otro asesinato. Por otro lado, una decisión impulsiva de Cam tiene consecuencias poco esperadas.
Un cuerpo es descubierto en un baño exterior. La víctima es el presentador de un programa que expone las infidelidades de algunos hombres. Booth descubre la situación sentimental de Bones.
Parker, el hijo de Booth, descubre el dedo perteneciente a un cadáver en un nido de pájaro, haciendo que el equipo lance una investigación para tratar de encontrar el resto del cuerpo. Después de encontrar el cadáver, el equipo descubre que la muerte fue causada por un perro, llevándolos hasta un círculo ilegal de lucha de perros y a una búsqueda del perro responsable y su dueño.
Un cuerpo sin cabeza es encontrado en un misterioso estanque de agua púrpura y pertenece a un escritor de ciencia ficción germófobo; Sin la cabeza, no hay pruebas suficientes para encontrar al asesino... hasta que Zack echa una mano al equipo.
Los restos del director de una empresa poco apreciado se encuentran en el fondo del ascensor del edificio; Y Hodgins y Angela tratan de reconducir su relación tras su ruptura.
Booth y Brennan investigan la muerte de un pastor de Maryland con un misterioso pasado. Sus implantes mamarios y la ausencia de la mitad inferior de la cabeza conducen a algunos supuestos engañosos.
Cuando los restos de un artista famoso son encontrados en un coche embargado en un vertedero, el equipo debe encontrar pruebas de asesinato antes de que el coche sea exhibido como la última obra del escultor en forma de auto-sacrificio por el bien de su arte. Entre los sospechosos se encuentra una ex novia de Angela.
Un grupo de prácticas de la policía encuentra un cuerpo durante una incursión y Brennan y Booth van a investigar. Una vez en la escena del crimen, encuentran un segundo cuerpo, llevando al equipo a la búsqueda del asesino o asesinos. Mientras tanto, Brennan va a una cita con el hermano menor de Booth, Jared, que acaba de mudarse a la ciudad para trabajar en el Pentágono.
Mientras Booth y Brennan están volando a Shanghai, un cuerpo es encontrado en el horno del avión y ambos comienzan a investigar para resolver el caso antes de que el avión aterrice en China.
El padre de Brennan, Max, tiene un puesto como profesor en el Jeffersonian. Cuando termina ayudando con el caso de asesinato que están investigando, Brennan se molesta por su repentina presenica en su vida profesional.
Se investiga la muerte de unas gemelas siamesas que trabajaban en el circo. La investigación lleva a Brennan y a Booth a hacerse pasar por artistas de circo, y también a que Booth se encuentre cara a cara con un payaso.
Booth es sospechoso del asesinato de un jugador de hockey con el que tuvo una pelea durante un partido reciente, por lo que Brennan debe trabajar en el caso con la agente del FBI Payton Perotta.
El asesino en serie conocido como "El Sepulturero" regresa y secuestra a Booth, exigiendo a cambio la prueba que ayudaría a capturarlo y la misma que Hodgins ha estado guardando en secreto ante el FBI.
El equipo investiga una convención de ciencia ficción cuando aparece asesinada una mujer vestida como una princesa medieval. Debido a los problemas de espalda de Booth, la agente Payton Perotta entra de nuevo en acción para ayudar con el caso.
El equipo trabaja a contrarreloj para averiguar qué le pasó a un vendedor de coches antes de que sus huesos se desintegraran completamente.
Brennan y Booth investigan la muerte de una adolescente de 16 años embarazada que fue encontrada entre un montón de sal en la calle. Durante su investigación, descubren un "pacto de embarazo" entre la víctima y algunos de sus compañeros de voleibol.
El equipo investiga el asesinato del ex novio de Cam, cuyo cuerpo es encontrado en el hábitat del tigre de un safari. Sweets y Angela hipnotizan a uno de los sospechosos del asesinato.
El equipo es conducido hasta un famoso centro de investigación de física después de encontrar un pedazo de meteorito en la oreja de una víctima cuyos restos pulverizados fueron encontrados en una bolsa de basura. Mientras tanto, el padre de Angela regresa, buscando venganza contra Hodgins.
Los restos aplastados de una mujer se encuentran en una planta de reciclaje, llevando al equipo hasta un planificador de bodas, el prometido de la mujer, y el dueño de una web de citas on-line.
Los restos de un esqueleto humano utilizados como imagen para una banda de death-metal resultan ser los restos de un bajista asesinado llamado Mayhem perteneciente a una banda llamada Spew.
En el funeral de un compañero de trabajo, Brennan descubre que fue asesinado en lugar de morir por causas naturales y comienza a investigar encubiertamente su muerte.
Cuando la hermana de un detective japonés desaparece en Washington, Booth y Brennan descubren su cabeza decapitada y la investigación conduce a un servicio de scorts de lujo.
Booth y Brennan investigan el caso del miembro de una fraternidad llamado 'Beaver', cuyo cuerpo fue encontrado dentro del uniforme de mascota de una escuela rival. Mientras tanto, Booth ayuda a su hermano Jared a buscar un nuevo trabajo.
Cuarta temporada y nuevos casos para "Bones" Brennan y su partenaire el agente del FBI Seeley Booth.
En el final de la cuarta temporada, un cuerpo es descubierto en un popular club nocturno llamado 'The Lab'. El equipo del Jeffersonian debe asumir papeles inusuales, incluyendo el de personal del club nocturno y como agentes de la ley.
En el capítulo que estrena la tercera temporada, una calavera se estrella contra el parabrisas de un coche que conducían unos adolescentes por la autopista. Al examina la calavera, Brennan y Cam descubren marcas de mordisco humano, lo que implica canibalismo. Mientras tanto, Angela y Hodgins contratan a un investigador privado para encontrar a su marido. Además, Zack vuelve al Jeffersonian y encuentra pruebas cruciales para resolver el caso.
Brennan y Booth investigan la muerte de una madre de familia que murió por la explosión de una bomba que estaba colocada en su monovolumen. Pronto descubren que la madre formaba parte de un grupo de radicales de los años 70 llamado Ejército de Liberación Nacional, y el FBI llevaba décadas detrás de ella. Por otro lado, al margen de la investigación, Brennan va a visitar a su padre a la cárcel.
El equipo investiga el hallazgo de un cuerpo que fue encontrado con las manos atadas y sin pies. Las pistas llevan a la doctora Brennan y a Booth hasta un lugar en el que la víctima y otras personas desarrollaban prácticas sadomasoquistas. Mientras tanto, Angela está muy nerviosa ante su decisión de someterse a una sesión de hipnosis y poder recordar el nombre de su marido. Ésta es la única salida para poder conseguir el divorcio y casarse con Hodgins.
Booth y Brennan examinan un cuerpo en descomposición que fue encontrado en los jardines de un hospital. Identifican el cuerpo, pertenece al fundador de una cadena de supermercados y descubren que el cuerpo había sido cocido ó incinerado. Además, hay carne de otra víctima en los restos de Curtis. Por otro lado a Booth y Brennan se les asigna un psicólogo.
Un laberinto de calabazas de Halloween se vuelve mucho más tenebroso cuando se descubren los restos momificados de una niña que murió hace un año. Aparece un segundo cuerpo de niña y una 3 niña desaparece. Ahora los agentes deben encontrar al asesino a contrarreloj antes de que ataque de nuevo este Halloween.
El equipo sospecha de sus propios colegas después de que se encuentren los restos quemados de una residente del Jefferson en el incinerador del edificio. Al principio se cree que pudo haber sido asesinada por algo relacionado con el caso en el que estaba trabajando, el caso de El Hijo de la Viuda, pero las cosas se complican cuando sale a la luz que tenía un lío con otro empleado del Jefferson. Mientras tanto, Booth se presenta como el novio de Camen una de sus reuniones familiares.
Una cápsula del tiempo enterrada por una clase de Instituto de 1987 es encontrada por un grupo de exalumnos del instituto. Para su sorpresa encuentran dentro el cuerpo de uno de sus compañeros. Booth y Brennan descubren que la víctima era el paria de la clase, a partir de eso empiezan a investigar el pasado de sus compañeros para descubrir al asesino
El cuerpo de un arzobispo es encontrado por unos obreros. Las rótulas del arzobispo fueron extirpadas quirúrgicamente, lo cual les hace al equipo de Bones relacionar el caso con el de El Hijo de la Viuda.
Booth y Brennan investigan la muerte de Kris Kringle, que trabajaba como Santa Claus en un supermercado y cuyo cuerpo fue hallado por dos elfos. Al recopilar pistas, Booth sospecha del casero de Kris, con el que había tenido problemas por la patente de un juguete.
Booth y Brennan investigan el cuerpo de un hombre que aparece cubierto de barro. Descubren que se trata de Tripp Goddard, el atractivo piloto de motos que fue asesinado después de una carrera hace un par de semanas. Mientras la doctora forense y el agente del FBI llevan a cabo el estudio de la escena del crimen, la novia del joven se presenta en el lugar de los hechos
Aparece un cadáver con múltiples fracturas. A Zack le resulta durísimo y le impresiona profundamente tener que reconstruir el esqueleto totalmente fracturado del muchacho. Además, Hodgins y Ángela mantendrán una larga e importante conversación.
Una mujer es expulsada de la carretera en la que circulaba por un conductor que se da a la fuga. La mujer muere en el impacto pero su bebé, que viajaba con ella, sobrevive milagrosamente. Booth y Bones viajan al pueblo de la víctima y la doctora, con la ayuda del agente del FBI, cuida del bebé mientras su equipo estudia las pistas en busca del asesino
El padre de Brennan por fin tiene que enfrentarse al juicio por el asesinato de Kirby, el ayudante del director del FBI. Todos los miembros del equipo excepto la doctora Huesos son llamados a al estrado como testigos. Brennan, sin embargo, es la forense que colabora con la defensa, situación en la que debe lidiar tanto con su profesionalidad como con sus emociones.
Un aspirante a cantante llamado Tommy Sour es encontrado muerto. El último lugar donde se le vio con vida fue en el restaurante en el que solía cantar y en el que tuvo una pelea con un compañero. La investigación lleva al equipo Bones hasta Pam, la clienta del gimnasio en el que Tommy era monitor, y que estaba obsesionada con la víctima. Al enterarse de la muerte de Tommy, la chica pone los ojos en Booth.
Brennan recibe en el laboratorio una mandíbula que por sus características le lleva a relacionar el suceso con Gormogon, el caníbal que construye un esqueleto con restos de diferentes personas. La incertidumbre se apodera de los miembros del laboratorio cuando Zac sufre un accidente que destapa una terrible sospecha: alguien del equipo de Brennan está colaborando con el caníbal
Brennan y Booth deberán investigar el descarrilamiento de un tren en el que viajaban un senador y un alto ejecutivo. Todo apunta a que el accidente fue provocado por un suicida que colocó su coche en las vías ferroviarias. Por otro lado, Brennan conocerá a la nueva jefa del departamento forense del Instituto Jeffersonian, Camilla Saroyan. La relación laboral entre ambas no comenzará demasiado bien.
Aparecen el cuerpo de una mujer y un feto. Se trata de Carlie Richardson, que desapareció hace un año estando embarazada de nueve meses. El caso tuvo gran relevancia mediática y aunque todas las pruebas apuntaban al marido como principal sospechoso, sin el cuerpo resultaba imposible probar los hechos. Mientras tanto, Booth está preocupado por su hijo, porque pasa más tiempo con el nuevo novio de su ex que con él.
Aparece el cuerpo de un adolescente que se había escapado con su novia, la cual vivía en una familia de acogida. Brennan se implica personalmente en el caso. También se crió en una familia de acogida y su sorpresa es mayúscula cuando su equipo comienza a echar el peso de la culpa al sistema de adopción. Por otro lado, la tensión entre la jefa del departamento y la doctora Brennan se irá incrementando.
Booth y la doctora Brennan estudian junto a su equipo los restos de una mujer.Tras realizar varias pruebas al cadáver, todo apunta a un asesino en serie que en ese momento ya se encuentra en el corredor de la muerte y que, por lo tanto, ha de contar con una segunda pesona implicada. Un detalle de otro cadáver les pondrá tras las pista del siguiente crimen.
Booth y Brennan investigan el asesinato de un hombre que aparece muerto en su bañera rodeado de productos químicos. Pronto descubrirán que la víctima tenía dos esposas y cada una con varios hijos, por lo que su primera hipótesis será un crimen pasional y el consiguiente cobro del seguro. Cuando aparece un tercer sospechoso, la investigación da un giro inesperado. Mientras tanto, la doctora Brennan sospecha que Booth se ha vuelto a acostar con su exnovia Rebecca aunque él no lo reconoce.
Brennan y Booth se dirigen a un salón de conferencias en el que se ha producido una explosión que ha causado cuatro víctimas mortales. Estudiando la escena, Brennan descubre incrustados en la pared los restos de un quinto cuerpo. Tras recibir la información, el equipo se pone a trabajar con las pruebas halladas para encontrar al culpable.
Los restos mortales de una niña aparecen en el interior de una depuradora. Mediante las pruebas forenses que ejecutan Hodgins y Angela, consiguen saber que se trata de Brianna, una niña de 10 años ganadora de varios concursos de belleza. Según los forenses, el asesino tiene la espalda torcida y usa zapatos con punta de acero.
Booth y Brennan acuden al desierto porque han encontrado el cuerpo de un agente federal que desapareció hace 5 años. Brennan observa que hay buitres en la zona y que estos carroñeros están volando alrededor del cuerpo de una joven que presenta claras evidencias de haber sido asesinada. En la investigación tienen dos sospechosos: el marido de la joven y un prestamista de las Vegas.
Brennan y Hoggins se convertirán en el próximo objetivo de un asesino en serie por intentar resolver un caso. Todo comienza cuando aparecen los cadáveres de dos hermanos gemelos que fueron secuestrados por un famoso asesino. Este criminal secuestra a sus víctimas pidiendo poco después un rescate y solo suelta a sus rehenes si recibe el dinero pero si por el contrario las familias no le entregan la cantidad, los entierra vivos. Brennan y Hoggins deberán escapar antes de que sea demasiado tarde.
Brennan y Booth llegan a un bosque acompañados de un guarda forestal para observar el lugar en el que ha aparecido un joven decapitado. En aquel bosque existe una leyenda sobre una bruja que fue asesinada en 1780: el espíritu de la bruja ronda aquellos parajes y mata a todo aquél que va en su busca. Brennan descubre que el joven estaba realizando un documental sobre dicha leyenda.
Brennan y Booth acuden a la escena del crimen en la azotea de un hotel. Allí se encuentra el cuerpo de un hombre mutilado, quemado y colgado de un poste. Se trata de un antiguo agente del FBI que además posee una extraña moneda en la que está acuñado el rostro de Cristóbal Colón. Este asesinato puede estar relacionado con el padre de Brennan, su familia corre un gran peligro.
Brennan y Booth acuden a la prisión en la que se ha desatado un terrible incendio en la celda de un asesino en serie. El cuerpo abrasado no pertenece al criminal, sino a un bombero y desde ese momento, cualquier persona que esté cerca de Brennan se convertirá en el objetivo del asesino, incluso el hijo de Booth. Por otra parte, Cam inhala una toxina mientras realiza una autopsia y enferma gravemente.
Obligan a Booth a tomarse un descanso y visitar a un psicólogo porque disparó a un camión de helados argumentando que hacía mucho ruido. Mientras, Brennan debe trabajar junto a un nuevo compañero, el agente Sullivan. Los dos agentes se ocupan de un nuevo caso de asesinato. Esta vez una joven universitaria ha aparecido asesinada y devorada por un cocodrilo tras asistir a una fiesta.
El millonario Terence Bancrofit, que hacía grandes donaciones a Jeffersonians, aparece apuñalado y asesinado en su habitación. Durante la investigación, Hodgins esconde una de las pruebas que le conectan con Terence para poder seguir está investigación. Sin embargo, con esta acción pone en evidencia la reputación del laboratorio y de todos sus compañeros.
La doctora Brennan, Booth y Sully se enfrentan a un asesinato relacionado con la última novela de la doctora Huesos. Brennan recibe una llamada de su representante para concretar la hora a la que debe acudir a la librería para firmar su novela. Al mismo tiempo, Booth avisa a la doctora de la aparición de un cuerpo sin vida y con claros signos de haber sido asesinado. El asesino utiliza la novela de Brennan para acabar con la vida de sus víctimas. Sully hará todo lo posible para proteger a la doctora.
Booth interrumpe el viaje que Brennan está realizando con Sully para informarla del hallazgo del cadáver de una joven en el río. Sin embargo, cuando llega al laboratorio y después de que el cuerpo haya sido sometido a un estudio forense previo, le informan de que la joven carece de huesos. La doctora vuelve junto a Sully al darse cuenta de que su presencia en el laboratorio no es necesaria, pero en el transcurso de la investigación, encuentran el hueso de la rodilla y otros datos que ayudan a identificar a la víctima.
La inundación en uno de los cementerios más antiguos de la región hace que salgan al descubierto decenas de ataúdes y los cadáveres de su interior. Brennan acude al lugar para identificar los huesos y así permitir a los trabajadores volver a enterrarlos. El cementerio hace más de cincuenta años que no acoge ningún cuerpo, sin embargo la doctora descubre un cráneo que tan sólo lleva tres años enterrado. Este caso se transformará en la investigación de un asesinato y en la búsqueda del criminal.
Tras encontrar un cadáver inmerso en cemento, Booth y Brennan investigan el caso. Booth está convencido de que el asesino es Hugh Kennedy, un criminal perteneciente a una familia involucrada en la mafia, pero se ve obligado a cambiar de opinión cuando reciben la noticia de que Hugh ha muerto dentro de su coche en llamas. El curso de la investigación cambia cuando secuestran al agente Booth. La doctora Huesos debe encontrarle antes de que sea demasiado tarde.
Brennan y Booth deben investigar los restos de un hombre que parece haber caído del cielo. Trabajan para identificar al hombre y descubrir cómo llegó allí mientras Hodgins estudia datos sobre extraterrestres y secretos gubernamentales. Por otra parte, Hodgins se plantea pedirle a Ángela que se case con él.
Brennan y Booth reciben un nuevo aviso para investigar un crimen. Deben dirigirse a una casa antigua donde ha aparecido un esqueleto. Los huesos a los que se enfrentan son diferentes a los que están acostumbrados: éstos brillan. Tras diversos análisis descubren que no contienen ningún elemento radiactivo ni existe otra explicación posible a este fenómeno.
Angela reconstruye el físico de una mujer cuyo cadáver ha sido encontrado en un carro de la compra y en avanzado estado de descomposición. La víctima era joven pero sufría una enfermedad degenerativa por lo que los resultados de las pruebas afirman que tenía más de 80 años. A Hodgins y Angela no les están saliendo los planes tal como pensaban. Por otra parte, Max Keenan, el padre de la doctora Brennan, reaparece para ofrecer nueva información sobre su pasado.
La doctora Brennan vuelve de Sudamérica tras una labor de investigación que le ha mantenido apartada de su laboratorio por una temporada. En el aeropuerto, el agente Booth le tiende una trampa para que acceda a colaborar en un caso que la policía no puede resolver. Se trata de unos huesos sin identificar encontrados en un lago. Al examinar los huesos la doctora no duda en afirmar que se trata de un crimen. La víctima está relacionada directamente con un alto cargo político.
La explosión de un todoterreno ocasiona la muerte del conductor y de varias personas más. El conductor de origen árabe pertenece a la Liga de Amistad Arábigo-Americana. La doctora Brennan acude a la llamada del agente Booth que se encuentra en la escena del suceso, donde se recogen todas las pistas necesarias. Sospechan que se trata de un acto terrorista.
El agente Booth requiere de nuevo los conocimientos de la doctora Huesos. Le informan del hallazgo de un niño ahorcado en el jardín de la prestigiosa y exclusiva escuela Hanover. La dirección del colegio insiste en que se trata de un suicidio pero el caso se complica cuando el equipo de Huesos descubre que se trata de Néstor Olivos, el hijo de la embajadora de Venezuela.
Una veterinaria encuentra una mano humana en el interior de un oso en un pequeño pueblo del estado de Washington. El agente Booth con la ayuda de la doctora Brennan viajan hasta allí, donde descubren con sorpresa que la mano encontrada, perteneciente a Adam Langer, prueba que existe un caníbal suelto por el pueblo.
La investigación, de unos restos humanos hallados en un parque, determina que el cadáver pertenece a un chico de seis años que desapareció. Las pruebas encontradas revelan también que el niño pudo ser víctima de una agresión sexual, algo que deben investigar para dar con el culpable.
Angela y la doctora Brennan acuden a un club afroamericano donde pincha el DJ más conocido de la ciudad. Brennan se refiere al Hip Hop como música tribal lo que provoca una trifulca que termina por romper una pared. En el interior de la pared aparece un cuerpo momificado y restos de droga. Se trata de un conocido DJ famoso por sus peleas con el anfitrión de aquella noche.
Faltan 32 horas para que Epps sea ejecutado por la muerte de una chica de 17 años. Su abogado hace una petición de última hora a Booth para reabrir el caso, puesto que fue éste quien le detuvo. Aunque Booth piensa que es culpable, reconoce que el caso tenía algunos flecos sin cerrar, así que pide a la Dra. Brennan y a su equipo que repasen las pruebas. La doctora encuentra irregularidades forenses en el caso que deberá resolver antes de que se lleve a cabo la ejecución.
La doctora Brennan recibe la visita de Michael, un antiguo profesor de la universidad en la que estudió y con el que tuvo una relación. Por otra parte el agente Booth informa a Huesos de la aparición de un cadáver en una nevera. Se trataba de una chica joven con problemas familiares. Booth y Brennan acuden a interrogar a unos amigos de la víctima y reúnen pruebas suficientes para incriminarlos. Michael es el experto que testificará en el caso a favor de la defensa lo que provoca que la doctora se tome la acusación como algo personal.
Un día antes de Nochebuena, la doctora Brennan y su equipo investigan la aparición del cadáver de un hombre en un refugio antinuclear. Al manipular los huesos para su investigación, Zack libera unas esporas que podrían provocar una pandemia, así que el equipo debe permanecer en cuarentena durante las Navidades
La doctora Brennan y Booth viajan a Los Ángeles para investigar el caso en el que una chica ha sido encontrada descuartizada en una playa cerca del aeropuerto. La labor de identificación se convierte en una tarea difícil ya que la mujer se ha sometido a varias operaciones estéticas. Por otro lado, la productora Penny Marshall está muy interesada en convertir en película el libro escrito por Temperance y acude a un cara a cara con ella en un plató de televisión.
La doctora Brennan y Booth investigan el cuerpo de una mujer que murió quemada en su coche en llamas. Además, su hijo ha sido presuntamente secuestrado y el principal sospechoso es su padre, Carl Decker. Las cosas se complican en investigación cuando se descubre que el sospechoso está integrado en el programa de protección de testigos. Decker sospecha que sus antiguos jefes podrían ser los secuestradores ya que declaró ante un jurado que su empresa enviaba armamento defectuoso a Irak.
Unos chicos jóvenes descubren en un callejón el cadáver descompuesto de un adolescente que lleva puesto un disfraz de superhéroe. La noticia salta a los medios de comunicación. Brennan y Booth investigan este caso, y descubren que era una persona solitaria, sin amigos y obsesionado con los cómics. La Doctora Brennan se da cuenta de que tiene bastante en común con el chico solitario.
Se detiene a un joven salvadoreño al ser encontrado un cadáver en el maletero de su coche. Mientras Brennan y Booth le están interrogando se produce un tiroteo gracias al cual el detenido consigue huir. Siguiendo la pista del cadáver, Brennan y Booth dan con el jardín donde fue enterrado, encontrando allí una segunda tumba vacía. Todas las pistas apuntan hacia la casa de un Senador, en cuyo jardín trabajaba el detenido, aún así el caso se va complicando pues nadie quiere aportar información sobre la identidad de las víctimas.
Brennan y Zack se dirigen al lugar en el que se ha estrellado un pequeño avión con diplomáticos chinos. Una vez allí, la doctora descubre unos fragmentos de huesos que no venían en el avión y que tal vez tengan algo que ver con un hombre que desapareció hace cinco años. Aunque el doctor Goodman sólo quiere que se investigue la muerte de los diplomáticos, el equipo intenta además resolver el misterioso accidente que implica a una mujer y a un trabajador de mantenimiento.
Brennan tiene una cita en un restaurante con un hombre que conoció por internet. De repente se convierte en el blanco de unos disparos de los cuales por suerte resulta ilesa. Ella y Booth intentan descubrir al asesino. Será el hombre con el que se iba a citar, o tiene algo que ver con el caso de los dos cuerpos que está investigando? La doctora insiste en continuar con sus investigaciones y a pesar de estar protegida por una persona del FBI no es suficiente. Es Booth quien debe salvarle la vida.
Una documentalista ha aparecido muerta bajo los túneles de Washington en un lugar oscuro y lleno de mendigos. Temperance y Booth sospechan de un vagabundo que vive allí pero en cambio él les ofrece unas pistas muy valiosas para la investigación
Mientras Ángela está de vacaciones en el desierto contacta con la doctora Huesos para pedirle identificar una calavera. Está preocupada por si se trata de su novio, Kirk, que está desaparecido desde hace varios días. Llevan el cráneo al laboratorio, donde Zack y Hodgins confirman que la víctima murió de un disparo. Booth piensa que el asesinato está relacionado con drogas, pero las investigaciones les conducen hasta un falso anillo en mitad del desierto.
El hallazgo de un cadáver agarrado a un dedo de 300 años lleva a Booth y Brennan hasta la Isla de Assategue, donde además puede estar enterrado un tesoro de piratas. Tras descubrir algunos huesos más, se dan cuenta de que pertenecen a una colección robada de Thomas Jefferson. Pero la investigación da un giro inesperado cuando el sospechoso aparece asesinado. Por otro lado Hodgins se ofrece para adentrarse en la cueva donde puede estar el tesoro.
Brennan se marcha a Nueva Orleáns para ayudar en la identificación de las víctimas del Huracán Katrina. Al despertarse por la mañana en el hotel aparece ensangrentada y golpeada pero no recuerda nada de lo que sucedió. Más tarde, el médico encargado de sus análisis aparece asesinado y Brennan se convierte en la principal sospechosa
El equipo ayuda a Amy, la hija del subdirector, cuando contrae una rara forma de cáncer de pulmón tras recibir un injerto de hueso. Tras recopilar información de distintas fuentes, Booth y Brennan descubren que Amy no es la única persona con esta extraña enfermedad. La investigación lleva a la doctora Huesos y al agente del FBI hasta una compañía que vende implantes óseos contaminados.
Brennan y Booth tienen que investigar un presunto suicidio en el Cementerio Nacional de Arlington. Pronto descubren se trata de un asesinato y que la víctima es un soldado que combatió en Irak. Este caso hará que Booth recuerde su pasado como francotirador y los horrores que sufrió en la guerra
Brennan recibe en el laboratorio varios huesos y descubre que son los de su propia madre. El shock para ella es muy grande ya que no tenía noticias de ella desde hacía muchos años. Booth abre la investigación del caso y Brennan comienza a plantearse que en realidad hay algo de sus padres que no conocía. La investigación le lleva a conocer mejor su pasado familiar.
