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Will Scott, uno de los principales criptoanalistas del FBI, es contratado para descifrar un documento ultra codificado. Pronto descubre que se trata de una lista de víctimas, lo que le pone en el punto de mira de aquellos que quieren recuperarla.
Cuando el FBI descubre un misterioso documento cifrado, llama a uno de los mejores criptoanalistas: Will Scott. Mientras intenta compaginar la paternidad con su trabajo, lo que descifra pone en peligro su propia vida.
Las misteriosas personas que buscan la lista cifrada, fingen la muerte de Will. Ahora intenta mantenerse alejado de las calles y conoce a una misteriosa mujer llamada Claire que lo acoge. Will se pone en contacto con su mejor amigo del FBI, Kurt, y sufre una traición.
Will intenta averiguar para quién trabajaba Kurt, y vuelve a casa de Claire para que puedan descifrar juntos el resto de la lista cifrada. Otras partes interesadas y ominosas dan al equipo de investigación del FBI motivos para preocuparse sobre quién es realmente este criptoanalista "Will" y de qué lado está.
Will y Claire se apresuran para llegar hasta la siguiente víctima de La Lista antes de que sea demasiado tarde, todo ello mientras Will intenta permanecer encubierto. El equipo del FBI experimenta algunos avances en su investigación mientras intentan llegar al fondo de los responsables de la muerte de varios agentes del FBI.
Will se reencuentra con su hija Anna y ella le promete guardar su secreto. El FBI habla con la ex mujer de Will y su hija y su frenesí por atrapar a Will aumenta cuando Will y Claire cometen un desliz y echan a perder su tapadera. Mientras tanto, Will descifra el siguiente objetivo de La Lista.
Cuando el FBI localiza una copia de la lista, trae a un nuevo criptógrafo para descifrar el código. Will visita a un amigo hacker y descubre una nueva pista para desbloquear el teléfono de Kurt, que revela nueva información sobre Claire.
Claire revela sus verdaderos colores y para quién trabaja, y su jefe Chris secuestra a Anna para que Will sienta la presión de resolver el resto del código. Will regresa al equipo del FBI cuando se da cuenta de que no puede seguir solo y ambas partes luchan por confiar en el otro.